Học chế tín chỉ (HCTC) đang được triển khai ở nhiều trường sẽ giúp SV có thể chủ động thiết kế tiến độ học tập của mình theo khả năng và điều kiện tài chính. Việc không đạt một môn học chỉ có ảnh hưởng nhỏ trên các môn học tiếp theo chứ không cản trở toàn bộ quá trình học tập như học theo niên chế (tính theo năm học).
Ngoài ra, đào tạo theo HCTC còn có nhiều hình thức liên thông mới xuất hiện mà trong học chế niên chế không có được như: xây dựng các chương trình đào tạo liên ngành, công nhận các môn học thay thế của các khoa khác đang giảng dạy, học thêm kiến thức các ngành khác...
Từ năm 1988, học chế học phần được Bộ GD-ĐT triển khai vào các trường ĐH Việt Nam với đặc điểm cơ bản là kiến thức được mô-đun hóa thành các học phần, công nhận sự tích lũy dần kiến thức. Năm học 1993-1994, Trường ĐH Bách khoa TP.HCM được phép cải tiến học chế học phần một cách triệt để hơn, tăng sự mềm dẻo của học chế học phần hiện có để áp dụng theo mô hình HCTC của Mỹ. Sau đó 1 năm đến lượt các trường ĐH Đà Lạt, Thủy sản Nha Trang, Cần Thơ... và hiện nay có gần 10 trường trong cả nước áp dụng HCTC với mức độ hiệu quả khác nhau.
HCTC có nhiều ưu điểm, nhưng thực tế là nhiều trường ĐH tại VN vẫn còn lúng túng trong việc triển khai học chế này. Chủ trương giảm tải giờ học trên lớp ở Trường ĐH Bách khoa TP.HCM để tăng cường giờ tự học cho SV đôi lúc gặp trở ngại vì có những chỉ thị của cấp trên yêu cầu bổ sung thêm nhiều môn học khác ngoài dự kiến ban đầu. Một trong những trở ngại của Trường ĐHSP kỹ thuật TP.HCM trong việc đào tạo tín chỉ là tâm lý thói quen suy nghĩ theo kiểu niên chế. TS Nguyễn Tiến Dũng nói: "HCTC cho SV được lựa chọn môn học nên lớp học chưa thể ổn định ngay từ đầu năm học, điều này có phần nào ảnh hưởng đến tâm lý các thầy cô. Đó là chưa kể xu hướng hiện nay là giảng dạy các môn tích hợp nên số tiết dạy phải giảm bớt, ảnh hưởng thu nhập của các thầy cô. Ngoài ra còn có trở ngại khi Bộ GD-ĐT quy định chương trình "cứng quá", chẳng hạn môn Giáo dục thể chất thì phải học xong môn Giáo dục thể chất 1 (là môn chạy) mới được học môn Giáo dục thể chất 2 (môn bóng chuyền)!".
Thạc sĩ Nguyễn Vĩnh An (Trưởng phòng đào tạo Trường ĐH Cần Thơ) đề nghị Bộ GD-ĐT sớm ban hành một quy chế chính thức về HCTC, quy định rõ ràng hơn để các trường áp dụng. Cụ thể hóa lộ trình chuyển đổi sang HCTC cho toàn bộ hệ thống giáo dục ĐH nước ta, GS-TSKH Lâm Quang Thiệp (ĐH Quốc gia Hà Nội) đề xuất 12 bước, trong đó có những biện pháp: Bộ GD-ĐT và các trường tăng số lượng và tạo cơ chế nâng cao thu nhập đối với đội ngũ giảng viên, xem đây là khâu quan trọng nhất để triển khai thành công việc chuyển đổi sang HCTC; xây dựng hệ thống tài liệu học tập cho mọi học phần qua mạng liên kết thư viện giữa các trường, tổ chức phối hợp biên soạn các tài liệu phục vụ các học phần không đủ tài liệu; liên kết xây dựng và phổ biến, chuyển giao các công nghệ điều hành đào tạo theo HCTC. Ngoài ra, TS Thiệp còn đề nghị Bộ GD-ĐT điều phối các trường ĐH-CĐ có khả năng và có các chuyên ngành liên quan trao đổi ký kết công nhận lẫn nhau về học phần tín chỉ, quan hệ với các trường ĐH trong khu vực và thế giới thỏa thuận việc công nhận văn bằng và tín chỉ của nhau.